L'origine del lago di Iseo (o Sebino) è di origine glaciale, situato nelle Prealpi in fondo alla Val Camonica, tra le province di Brescia e Bergamo, il suo livello è regolato dalla diga di Sarnico, costruita nel 1933 in località Fosio. Dal 2018 la porzione settentrionale del lago, chiamata Alto Sebino, fa parte della riserva della biosfera UNESCO della "Valle Camonica - Alto Sebino". Con una profondità massima di 251 metri, è il quinto lago per profondità ed è il settimo lago in Italia per estensione. Gli immissari principali sono i fiumi Oglio e Borlezza; l'emissario principale è l'Oglio, nella parte meridionale del lago tra Paratico e Sarnico.

Il lago di Iseo è caratterizzato per la presenza della più grande isola lacustre naturale d'Italia nonché la più alta isola lacustre d'Europa con i suoi 600 metri di altitudine s.l.m., Monte Isola, e di due isolotti, posizionati uno a nord di quest'ultima, l' isola di Loreto, e una più a sud della stessa, l' isola di San Paolo.