La più piccola delle isole Borromee è l'isola San Giovanni, in cui spicca il Palazzo Borromeo del Seicento ed abitazione di Arturo Toscanini fino al 1952. E' posizionata proprio di fronte a Verbania località Pallanza, vicina al porto pubblico. Le acque e i fondali limpidi attorno all'isola, nelle ore di punta dell'alta stagione, attirano molte imbarcazioni e bagnanti per una gradevole sosta.
La sponda a nord è caratterizzata da una folta vegetazione (1), (2) e (3), sulla sinistra è riconoscibile il muretto che delimita il porticciolo dell'isola, strettamente privato; prestare attenzione in fase di navigazione nelle immediate vicinanze della sponda per la presenza di pietre e rocce che affiorano a filo d'acqua, soprattutto nei periodi di siccità: in ogni caso, la presenza di un palo a strisce bianche nere avvisa del pericolo.
La sponda ad ovest si caratterizza per la presenza di una ricca e fittissima vegetazione (1), sulla destra è visibile parzialmente il Palazzo Borromeo.
La sponda ad est è caratterizzata da uno stretto passaggio, che separa l'isolotto dalla spiaggia dell'hotel Grand Majestic, e da fondali non troppo profondi: attenzione al rispetto del divieto di transito a tutte le unità a motore all'interno dello specchio acqueo compreso tra l'isola San Giovanni e l'antistante costa in località Pallanza nel Comune di Verbania, così come definito dall' Ordinanza n. 2/2008 del 30/10/2008 (in .pdf, 16 kb); seppur non in presenza di cartelli e/o segnaletica che avverta di tale divieto, per il mancato rispetto sono previste multe molto salate. Per maggiori approfondimenti, si rimanda alla sezione "Divieti e pericoli di navigazione" del nostro sito.
La sponda a sud si può riconoscere facilmente per la presenza del Palazzo Borromeo che spicca nelle fitta vegetazione e da una spiaggetta strettamente privata (1) e (2), prestare attenzione in fase di navigazione nelle immediate vicinanze della sponda per la presenza di pietre e rocce che affiorano a filo d'acqua, soprattutto nei periodi di siccità: in ogni caso, la presenza di un palo a strisce bianche nere, vicino ad statuetta su uno scoglio, avvisa del pericolo.